Biologiczna definicja chłoniaka Burkitta z profilowania transkrypcyjnego i genomowego ad

W tym ostatnim przypadku chromosomalne punkty przerwania w locus myk są nawracająco związane z loci partnera innego niż IG i złożone zmiany chromosomalne. Nieprecyzyjne rozróżnienie między chłoniakiem Burkitta a chłoniakiem rozlanym z dużych komórek B po rozpoznaniu może prowadzić do niewystarczającego leczenia niektórych pacjentów z dojrzałym agresywnym chłoniakiem z limfocytów B. Badania obejmujące profilowanie ekspresji genów wskazują, że rozlane chłoniaki z dużych limfocytów B zawierają dwie lub więcej głównych podgrup biologicznych o różnych zachowaniach klinicznych.18-21 Do tej pory jednak, zgodnie z naszą wiedzą, nie było sygnatury ekspresji genów, która odróżnia chłoniaka Burkitta. z rozlanego chłoniaka z dużych limfocytów B.
Naszym celem było ustalenie molekularnej definicji chłoniaka Burkitta i poszukiwanie innych istotnych klinicznie podgrup rozlanego chłoniaka z dużych limfocytów B. W tym celu przeprowadziliśmy analizę ekspresji genów i profilowanie genomu 220 dojrzałych agresywnych chłoniaków z limfocytów B, które zostały zdiagnozowane przez zespół ekspertów hematopatologów.
Metody
Badanie to przeprowadzono od lipca 2003 r. Do listopada 2005 r. Zostało ono zatwierdzone przez lokalną komisję etyki (Charité University Hospital, Berlin). Omawiane dane są dostępne w Gene Expression Omnibus z National Center for Biotechnology Information (www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/) poprzez numer dostępu GEO GSE4475.
Ekspresja genów i analizy genetyczne
RNA i DNA ekstrahowano z zamrożonych skrawków (Qiagen). Hybrydyzację Affymetrix U133A GeneChip wszystkich 220 próbek przeprowadzono zgodnie z zaleceniami producenta, obejmującymi 5 .g całkowitego RNA. Przeprowadziliśmy także porównawczą hybrydyzację genomową w macierzy w 185 przypadkach, stosując tablicę BAC / PAC zawierającą 2799 fragmentów DNA. 22, 23 Liczba braków równowagi w każdym przypadku została określona jako wskaźnik złożoności genetycznej (wyjaśniony szczegółowo w dodatkowym dodatku, dostępne wraz z pełnym tekstem tego artykułu na stronie www.nejm.org).
Przeprowadzono hybrydyzację fluorescencyjną in situ na zamrożonych lub zatopionych w parafinie tkankach z 217 przypadków za pomocą sond do IGH, IGK, IGL, myc, BCL6 i BCL2 loci24-26 (patrz Dodatek Uzupełniający). Próbki z biopsji, w których myc połączono z IGH, IGK lub IGL, określano jako IG-myc ; chłoniaki z punktami granicznymi Myc bez fuzji myc do locus IG były nazywane nie-IG-myc .
Analiza danych mikromacierzy
Intensywność sond została znormalizowana zgodnie z metodą stabilizacji wariancji.27 Poziomy ekspresji genów zostały oszacowane poprzez dopasowanie modelu addytywnego według Irizarry ego i wsp. [28]. Centra rozwojowe i aktywowane chłoniaki podobne do limfocytów B zostały zdiagnozowane zgodnie z metodą Wrighta. et al.29 (Dalsze szczegóły i algorytmy leżące u podstaw rozszerzenia grupy podstawowej podano w Dodatku Dodatkowym). Surowe dane dotyczące ekspresji genów są dostępne na stronie www.ncbi.nlm.nih.gov/geo.
Analiza statystyczna
Test U Manna-Whitneya, test chi-kwadrat, dokładny test Fishera i test log-rank zostały użyte do przetestowania różnic między grupami. Przeżywalność obliczano od dnia diagnozy do śmierci lub do zakończenia obserwacji. Model proporcjonalnych hazardów Coxa wykorzystano do analizy czynników prognostycznych
[więcej w: hibitan, lutinus cena, nazir stalowa wola ]