Biologiczna definicja chłoniaka Burkitta z profilowania transkrypcyjnego i genomowego cd

Ponieważ nie wszystkie zmienne międzynarodowego indeksu prognostycznego były dostępne dla wszystkich pacjentów, wiek w momencie rozpoznania i poziom Ann Arbor były stosowane w celu dostosowania się do znanych czynników prognostycznych30. Wyniki
Pacjenci i diagnozy
Próbki biopsyjne 220 dojrzałych agresywnych chłoniaków z komórek B (tj. Klasyczne chłoniaki Burkitta, nietypowe chłoniaki Burkitta i rozlane chłoniaki z dużych limfocytów B), w których co najmniej 70 procent wszystkich komórek było komórkami nowotworowymi, włączono do tego retrospektywnego badania . Wszystkie próbki zostały sprawdzone przez zespół ekspertów hematopatologów, stosując kryteria Światowej Organizacji Zdrowia (WHO) (podane w Dodatku Uzupełniającym).
Tabela 1. Tabela 1. Charakterystyka morfologiczna, immunohistochemiczna, genetyczna i molekularna chłoniaków. Tabela 2. Tabela 2. Charakterystyka kliniczna pacjentów. Dane kliniczne były dostępne dla 146 pacjentów (mediana roku pobrania, 1994), którzy otrzymali szereg podstawowych leków. Mediana okresu obserwacji wynosiła 60 miesięcy (zakres od 0 do 209). Charakterystykę guzów i pacjentów podano odpowiednio w Tabeli i Tabeli 2 oraz w Tabelach S1, S2 i S3 Dodatku Uzupełniającego.
Molecular Signature of Burkitt s Lymphoma
Aby wyprowadzić molekularną sygnaturę chłoniaka Burkitta, opracowaliśmy algorytm obliczeniowy zwany rozszerzeniem grupy głównej . Biorąc pod uwagę wstępnie zdefiniowaną grupę rdzeni profili ekspresji, algorytm identyfikuje dodatkowe przypadki, które mają podobny wzór ekspresji genów i zapewnia ekspresję genu podpis dla rozszerzonej grupy. Metoda została szczegółowo opisana w dodatkowym dodatku.
Ryc. 1. Histomorfologiczny wygląd przypadków z sygnaturą mBL Gene (hematoksylina i eozyna). Panel A pokazuje klasyczny morfologiczny wygląd chłoniaka Burkitta; cytogenetycznie, przypadek ten został sklasyfikowany jako chłoniak z fuzją IG-myc i niskim wskaźnikiem złożoności chromosomów (<6), który nie ma fuzji IGH-BCL2 lub punktu przerwania BCL6 (nazywanego myc-simple ). Panel B pokazuje morfologiczny wygląd rozlanego chłoniaka z dużych limfocytów B; cytogenetycznie ten przypadek został sklasyfikowany jako myc-simple.
Rysunek 2. Rysunek 2. Identyfikacja poprzez rozszerzenie grupy rdzeniowej o sygnatury mBL. Panel A pokazuje wyniki dla zestawu treningowego 105 przypadków, a na panelu B wyniki dla zestawu testowego 107 przypadków. Złożoność genomu jest opisana na wykresach słupkowych na górze paneli, przy czym złożoność wzrasta wraz z wysokością; kropkowana linia pozioma reprezentuje średnią złożoność każdej grupy. Drugi wykres pokazuje stabilność rozszerzenia grupy podstawowej w odniesieniu do przypadkowych perturbacji danych w grupie podstawowej (analiza ładowania początkowego). Częstotliwość zaburzonych wskaźników indeksu podpisu mBL (od 0 do 1, dół wykresu do góry) uzyskanych z 1000 przebiegów algorytmu jest wskazywana kolorem (bardzo niska częstotliwość, pomarańczowa, niska, żółta, średnia, zielona, wysoka, niebieski, bardzo wysoki, czerwony). Linie pionowe wyznaczają trzy grupy chłoniaków (mBL, intermediate i non-mBL) – jak również podstawową grupę przypadków (panel A) – a kreskowane linie poziome wskazują punkty odcięcia indeksu określające grupę mBL (0.95 ) i grupa inna niż mBL (0,05)
[więcej w: poziomka oświęcim, twp wyszków, dicoflor krople ulotka ]