Biologiczna definicja chłoniaka Burkitta z profilowania transkrypcyjnego i genomowego czesc 4

Spośród przypadków mBL wynik indeksu jest bliski dla wszystkich perturbacji bootstrap, podczas gdy w grupie innych niż mBL jest bliski 0, co wskazuje na stabilność sygnatury. Wyniki indeksu podpisu mBL wynikające z nieobciążonych sygnatur są przedstawione jako krzywa przerywana. Poniżej mapa ciepła pokazuje poziomy ekspresji genów 58 genów podpisu mBL, z genem pokazanym w rzędzie. Jasny niebieski wskazuje niski poziom ekspresji (3 SD poniżej średniej we wszystkich przypadkach), jasnożółty oznacza wysoki poziom ekspresji (3 SD powyżej średniej), a czarny średni poziom ekspresji we wszystkich próbkach. Sprawy są uporządkowane od lewej do prawej na podstawie malejącej oceny indeksu podpisu mBL, podanego poniżej mapy ciepła. Zielony oznacza wysoki wskaźnik punktowy (mBL), a czerwony niski wynik indeksu (inny niż mBL). Gradient koloru w grupie pośredniej uwidacznia ciągłe przejście wyniku indeksu między przypadkami mBL i nie-mBL. Partnerzy translokacji myk przedstawiono w zależności od typu: fuzja IG-myc (jasnozielona), fuzja nie-IG-myc (ciemnozielona), punkt nieobecności myc nieobecny (czerwony) i brak dostępnych danych (szary). Wreszcie, diagnoza histologiczna jest pokazana na dole. Jasnozielony wskazuje na chłoniaka Burkitta w grupie podstawowej; ciemnozielony, nietypowy chłoniak Burkitta; czerwony, rozlany chłoniak z dużych limfocytów B; i szary, nieklasyfikowalny, dojrzały agresywny chłoniak z limfocytów B. Grupa podstawowa składała się z ośmiu przypadków spełniających kryteria WHO dotyczące chłoniaka Burkitta (zgodna histologiczna klasyfikacja klasycznego lub atypowego chłoniaka Burkitta [Figura 1A], CD20 +, BCL6 +, CD10 +, BCL2-, CD5-, Ki-67 wynik .95 procent , IG-myc +). Zastosowaliśmy rozszerzenie grupy podstawowej do zestawu treningowego 105 chłoniaków i zidentyfikowaliśmy 58 genów, które stanowiły sygnaturę chłoniaka molekularnego Burkitta (mBL) (patrz Dodatek Uzupełniający). Każdemu przypadkowi przypisano wskaźnik indeksu podpisu mBL od 0 do 1, z wyższym wynikiem odzwierciedlającym większe podobieństwo ekspresji genów w próbce do tego w grupie rdzeniowej. Przypadki z wynikiem indeksu większym niż 0,95 zostały sklasyfikowane jako mBL, a te z wynikiem indeksu mniejszym niż 0,05 oznaczono chłoniakiem nieklonicznym Burkitta (inne niż mBL). Pozostałe przypadki uznano za pośrednie (rys. 2). Poprzez powtórzenie 1000-krotnego algorytmu rozszerzania grupy rdzeniowej z przypadkowymi zaburzeniami danych w grupie głównej (ładowanie początkowe), oceniliśmy stabilność sygnatury mBL (rysunek 2). Chociaż sygnatura mBL była stabilna na krańcach, wyniki indeksu między przypadkami mBL a przypadkami nie-mBL były ciągłe (Figura 2). Wyniki uzyskane w niezależnym zestawie testowym 107 przypadków były zgodne z zestawem treningowym w odniesieniu do histologicznej i genetycznej charakterystyki przypadków mBL i innych niż mBL oraz wielkości i stabilności podczas walidacji bootstrapu (Figura 2).
Cechy dojrzałych agresywnych chłoniaków z komórek B z sygnaturą mBL
Zidentyfikowaliśmy 36 chłoniaków z indeksem oceny mBL-podpisu ponad 0,95 oprócz 8 rdzeniowych chłoniaków Burkitta, w sumie 44 mBL przypadków. 8 podstawowych przypadków było podobnych do 36 dodatkowych przypadków w odniesieniu do rozkładu wieku i cech genetycznych (tabela i tabela S1 w dodatkowym dodatku), a także kurs kliniczny
[przypisy: hibitan, piastpol, nazir stalowa wola ]