Diagnostyka molekularna chłoniaka Burkitta ad 5

Panel D przedstawia klasyfikację molekularną 26 próbek pierwotnie zdiagnozowanych jako chłoniaka Burkitta lub chłoniaka podobnego do Burkitta, które zostały zdiagnozowane w badaniu patologicznym jako DLBCL lub chłoniak o wysokim stopniu złośliwości, gdzie nie określono inaczej (NOS) i dziewięć próbek, które pierwotnie zdiagnozowano jako wysokie. -grade DLBCL i zostały zweryfikowane jako takie w ramach przeglądu patologii. Diagnoza molekularna czasami nie zgadzała się z diagnozą patologiczną (czerwone słupki w panelu D). Aby opracować test diagnostyczny oparty na profilu ekspresji genu chłoniaka Burkitta, początkowo skupiliśmy się tylko na 45 przypadkach, które zostały pierwotnie zdiagnozowane jako chłoniak Burkitta i potwierdzone jako takie przez patologiczny przegląd. Wybierając geny, które ulegały zróżnicowanej ekspresji w tych 45 przypadkach i wśród trzech podgrup rozlanego chłoniaka z dużych limfocytów B (Figura 1A), stworzyliśmy klasyfikator oparty na ekspresji genów, który odróżniał chłoniaka Burkitta od rozlanej dużej komórki B chłoniaka. Biorąc pod uwagę centralną rolę deregulacji c-myc w chłoniaku Burkitta, zidentyfikowaliśmy zestaw docelowych genów c-myc za pomocą interferencji RNA (rysunek 1B) i potraktowaliśmy ten zestaw osobno w naszym algorytmie klasyfikacji. Klasyfikator obejmował także wiele innych genów, które odzwierciedlały biologiczne różnice między chłoniakiem Burkitta a rozlanym chłoniakiem z dużych limfocytów B.
W celu oszacowania wydajności klasyfikatora zastosowano metodę zostaw jeden krzyżyk 2-24. Wszystkie 25 przypadków zidentyfikowanych na podstawie oceny patologii, jako klasyczne chłoniaki Burkitta, zostały poprawnie sklasyfikowane na podstawie ekspresji genów (ryc. 1C). Przypadki nietypowego chłoniaka Burkitta i klasycznego chłoniaka Burkitta zidentyfikowanego na podstawie patologii nie można było rozróżnić na podstawie ekspresji genów (ryc. 1A); Algorytm sklasyfikował również 19 z 20 przypadków atypowego chłoniaka Burkitta jako chłoniaka Burkitta. Przypadki, dla których diagnozy molekularne i patologiczne były zgodne, określane są poniżej jako przypadki chłoniaka Burkitta . Rozpoznania oparte na klasyfikatorze były w doskonałej zgodności z patologicznymi diagnozami rozlanego chłoniaka z dużych limfocytów B, niezależnie od ich subklasyfikacji aktywowanego, podobnego do komórki B, zarodkowego-centrum-podobnego do komórki B i pierwotnego śródplaznego rozlanego chłoniaka z dużych limfocytów B. Wszystkie z wyjątkiem jednego z 30 nieklasyfikowanych chłoniaków rozlanych z dużych komórek B zostały molekularnie sklasyfikowane jako chłoniaki z dużych komórek B (ryc. 1C).
Następnie przetestowaliśmy klasyfikator chłoniaka Burkitta, dzieląc przypadki przedstawione na rysunku 1C na zestawy treningowe i testowe o jednakowej wielkości. Algorytm został wygenerowany przy użyciu danych z zestawu szkoleniowego i został zastosowany do zestawu testowego. Wyniki tej analizy zgadzały się z wynikami analizy retrospektywnej w 99% przypadków w zestawie testowym, potwierdzając, że algorytm skutecznie odróżnia chłoniaka Burkitta od rozlanego chłoniaka z dużych limfocytów B.
Następnie wykorzystaliśmy mikromacierze DNA, aby sklasyfikować przypadki, które zostały pierwotnie zdiagnozowane jako chłoniak Burkitta lub chłoniaka Burkitta, ale zostały sklasyfikowane podczas przeglądu patologii jako rozlany chłoniak z dużych limfocytów B (20 przypadków) lub chłoniak o wysokim stopniu złośliwości, nieokreślone inaczej (6 przypadków) (rysunek 1D)
[podobne: hibitan, stollido kłodzko, duostea ]