Diagnostyka molekularna chłoniaka Burkitta ad 7

Profile ekspresji genów w tych przypadkach różniły się od tych w przypadku chłoniaka Burkitta (Figura 2B); wszystkie miały profile rozlanego chłoniaka z dużych limfocytów B (cztery komórki regionu zarodkowego typu B i dwa aktywowane komórki podobne do komórek B). Pięć z tych sześciu przypadków miało profil ekspresji genu, który spowodował prawdopodobieństwo 0 procent diagnozy chłoniaka Burkitta; jedno miało prawdopodobieństwo 66 procent, co może reprezentować rzadkie genetyczne nakładanie się chłoniaka Burkitta i rozlanego chłoniaka z dużych limfocytów B. Różnice biologiczne między chłoniakiem Burkitta a chłoniakiem rozlanym z dużych komórek B
Aby wyjaśnić mechanizmy biologiczne, które odróżniają chłoniaka Burkitta od rozlanego chłoniaka z dużych komórek B, wykorzystaliśmy hierarchiczne grupowanie25 do uporządkowania genów klasyfikatora chłoniaka Burkitta (patrz Figura w Dodatku Uzupełniającym). Metoda ta ujawniła cztery wybitne skupiska genów o skoordynowanej ekspresji, które nazywamy sygnaturami ekspresji genów , ponieważ odzwierciedlają specyficzne procesy biologiczne.
Rysunek 3. Rysunek 3. Względna ekspresja sygnatur ekspresji genów. Średnia względna ekspresja genów, które odróżniają chłoniaka Burkitta od każdej podgrupy rozlanego chłoniaka z dużych limfocytów B (aktywowane komórki podobne do komórek B, zarodkowe centrum B i pierwotne śródpiersie) są podzielone na sygnatury ekspresji genów: c-myc i jego geny docelowe (panel A); geny ekspresjonowane w prawidłowych komórkach B zarodka środkowego (panel B) i wyrażane bardziej wysoko (BL-high), mniej wysoko (BL-low), lub równoważnie (BL-GCB) w chłoniaku Burkitta niż w centrum szczepienia-B -komórkowy rozlany chłoniak z dużych limfocytów B; Geny MHC klasy I (Panel C); i geny kierowane przez szlak sygnalizacji NF-.B27 (panel D). Względną ekspresję genów przedstawiono na podstawie pokazanej skali kolorów. Zdefiniowaliśmy geny odpowiedzialne za zarodkowe centrum B, jako te, które uległy nadmiernej ekspresji w normalnych komórkach B zarodka, w porównaniu z komórkami krwi B, ale które nie były związane jedynie z proliferacją komórkową (szczegóły w Dodatku Uzupełniającym). Geny BL-high ulegały ekspresji na poziomie dwukrotnie wyższym w chłoniaku Burkitta, jak w rozsianym zarodkowym chłoniaku z dużych komórek typu B (p <0,001). Geny BL-low ulegały ekspresji na poziomie dwukrotnie wyższym w rozmazanym chłoniaku z dużych komórek typu B, w centralnej części B, jak w przypadku chłoniaka Burkitta (P <0,001). Poziomy ekspresji genów BL-GCB nie różniły się istotnie pomiędzy dwoma chłoniakami. W panelu E każdy diament reprezentuje średnią ekspresję jednej z czterech sygnatur ekspresji genów dla jednej próbki biopsyjnej, przedstawionej zgodnie z diagnozą molekularną. Każdy pasek reprezentuje średnią dla diagnozy, jako wartości log2 w podanym zakresie. Badane osobniki chłoniaka Burkitta miały średnie sygnatury, które łatwo odróżniały się od próbek osobników należących do trzech rozproszonych dużych chłoniaków z limfocytów B (P <0,001).
Białko c-myc i jego geny docelowe stanowiły jedną sygnaturę, która była silniej wyrażana w chłoniaku Burkitta niż w rozlanym chłoniaku z dużych limfocytów B (Figura 3A). Druga sygnatura zawierała geny, które ulegały ekspresji w normalnych komórkach B zarodkowych
[przypisy: piramida zdrowia lublin, optium xido, nfz skierowania do sanatorium zwroty ]