Diagnostyka molekularna chłoniaka Burkitta cd

Na niektórych próbkach wykonano hybrydyzację fluorescencyjną in situ (Vysis) w celu wykrycia translokacji c-myc lub BCL2. Profilowanie ekspresji genów
Przeprowadziliśmy profilowanie ekspresji genów wszystkich próbek biopsji za pomocą niestandardowej mikromacierzy oligonukleotydowej z 2524 unikalnymi genami, które są wyrażane w sposób zróżnicowany w różnych postaciach chłoniaka nieziarniczego; podgrupę próbek profilowano również na macierzach Affymetrix U133 Plus 2.0. Podstawowe dane profilowania ekspresji genów są dostępne w Gene Expression Omnibus z National Center for Biotechnology Information (www.ncbi.nlm.nih.gov/geo) za pośrednictwem numeru dostępu GEO GSE4732 lub http://llmpp.nih.gov / BL.
Identyfikacja genów docelowych c-myc przez interferencję RNA
Linię komórkową rozlanego chłoniaka z dużych komórek B OCI-Ly10 transfekowano małym interferującym RNA skierowanym na gen c-myc (Smart Pool, Dharmacon). Ekspresję genu w transfekowanych komórkach porównano z ekspresją w kontrolnie transfekowanych komórkach pozornych za pomocą mikromacierzy DNA Lymphochip. 20 Geny zdefiniowano jako docelowe geny c-myc, jeśli zostały obniżone co najmniej 40 procent po dwóch lub więcej razach po transfekcji. z małym interferującym RNA i jeśli poziomy ekspresji informacyjnego RNA (mRNA) były skorelowane (r> 0,4 we wszystkich próbkach z biopsją chłoniaka) z poziomami mRNA c-myc.
Analiza statystyczna
Utworzono trzy parami klasyfikatorów kowasferycznych związków Bayesa – jeden między chłoniakiem Burkitta i każdą z trzech grup rozlanych chłoniaków z dużych limfocytów B: aktywowany przypominający komórki B, zarodkowy ośrodek typu B i pierwotny śródpiersia – jak opisano wcześniej .16,17,21 Każde porównanie parami przeprowadzono w dwóch etapach, z różnymi zestawami genów dla każdego etapu, w celu utworzenia klasyfikatora współzmiennego złożonego. W pierwszym etapie zastosowano geny docelowe c-myc i c-myc; w drugim etapie wykorzystano 100 genów o najbardziej znaczącej statystyce t różnicującej chłoniaka Burkitta z każdej podgrupy rozlanego chłoniaka z dużych limfocytów B, z wyłączeniem genów użytych w pierwszym etapie. Aby próbkę z biopsji guza sklasyfikować jako chłoniaka Burkitta, należało ją zaklasyfikować jako chłoniaka Burkitta w obu etapach w każdym z trzech porównań par. Procedury statystyczne zostały szczegółowo opisane w dodatkowym dodatku.
Wyniki
Badana populacja
Spośród 45 próbek z biopsji nowotworów zweryfikowanych jako klasyczne lub atypowe chłoniaki Burkitta w badaniu patologicznym, 48 procent pochodziło od dzieci (przedział wiekowy od 2,9 do 18 lat), a 52 procent od dorosłych (przedział wiekowy od 18 do 73 lat). Mediana okresu obserwacji wynosiła 1,6 roku dla wszystkich pacjentów i 4,9 lat dla pacjentów, którzy nadal żyli pod koniec badania. Fluorescencyjna hybrydyzacja in situ do translokacji c-myc została pomyślnie przeprowadzona w 67 z 71 próbek pierwotnie zdiagnozowanych jako chłoniak Burkitta lub chłoniak podobny do Burkitta, w tym wszystkie okazy, w których chłoniak Burkitta nie został wykluczony przez wyniki badań immunohistochemicznych lub morfologicznych. Spośród tych 71 okazów 52 okazało się pozytywnych pod względem translokacji. Translokacje BCL2 stwierdzono w 7 z 44 okazów chłoniaka Burkitta i Burkitta, które zostały do nich przetestowane
[patrz też: poziomka oświęcim, cezal kraków, cer medic krotoszyn ]